研究酵素的結構與其催化活性和結合特定受質的關連性，藉由解析酵素分子整體構形，和結合受質及催化反應區域的細部結構構形特性、及其構形的變化，重新探討結合受質的特定性及催化活性的影響。此外，測定新的蛋白質結構仍是研究另一項重點，主要針對蛋白質複合體的結構為研究導向，探討蛋白質間交互作用模式、作用特定性及作用區域的特性。實驗部份涉及蛋白質及其突變基因選殖、蛋白質表達、純化、及結晶，收集X-光繞射數據，電腦程式運算及測定分子結構及解析。相關的研究計畫如下:

1. 6-磷酸葡萄糖異構酵素（phosphoglucose isomerase, 簡稱PGI ; E. C. 5.3.1.9）催化D-葡萄糖-6-磷酸和D-果糖-6-磷酸之間的可逆異構轉變，該酵素於六碳糖代謝 (glycolysis)，及糖質新生(gluconeogenesis)反應中擔任樞紐角色。除此之外，研究顯示PGI在細胞外具有neuroleukin-能提昇特定胚胎及感觸神經元的存活，及促始B細胞成熟為抗體分泌細胞; autocrine motility factor-涉及癌細胞的移轉及侵襲，以及differentiation和maturation mediator-能使培養的骨髓血癌H-60細胞分化為白血球等三種功能。實驗室先前已測定枯草桿菌中不耐熱、全長為450 胺基酸的PGI 晶體結構，目前進行兩株定點突變PGI-I116V與M370L蛋白質晶體結構測定。
2. 研究由台灣鏈鰴菌(Streptomyces sioyaensis)中所篩選出的endo-1,3-b-glucanase催化活性區域晶體結構。b-1,3-glucanase能水解微生物的細胞壁組成，因此在植物中，該蛋白質被認為與拮抗鰴菌入侵機制有關;而微生物(例如放線菌種)也能分泌該蛋白質，用來抑制其他微生物種的生存，因此常用於拮抗菌株的生物製劑。b-1,3-glucanase會特定裂解葡萄聚醣(glucan)受質中以1,3-b-glucosyl鍵結的醣基，對1,4-1,3-b-glucosyl混合鏈結的葡萄聚醣則不具水解活性，已知水解後長度為7-12的b-glucan oligomer具有抗癌及剌激活化免疫力功效。
3. 轉麩胺醯酵素(transglutaminase，簡稱TGase)屬於EC 2.3.2.13酵素家族，主要的化功能為將胺基酸中的自由氨基(例如lysine的amine group)與glutamine的g-carboxamid group，以共價鍵的形式形成鏈結，而鏈結後的蛋白質能拮抗水解酵素的降解，在生物體中形成穩定組織或屏障，例如，血塊(凝血因子XIII)，皮膚及頭髮。由於TGase所催化的鏈結反應不可逆，因此在生物體中，TGase的活性需要高度的調控。TGase在工業上的用途為魚及肉品的加工，及改進魚及肉漿煉製品的凝膠品質，製成口感較佳的魚或肉丸(塊)，或是使乳類製品稠密細緻。
4. hydrolase相關蛋白質結構與功能
   纖維素是自然界中含量最豐富的多醣體，如何快速及有效的分解纖維素成為單、雙醣體，或是水溶性較佳的短鏈多醣體，仍是工業界及食品保健業領域等急於或是困擾多時的科研題目，目前實驗室已針對這些水解醏素進行相關的研究。